Fluor w organizmie ludzkim pełni szereg istotnych funkcji. Jest niezbędny do prawidłowego rozwoju kości i zębów. Stymuluje powstawanie nowej tkanki kostnej i uczestniczy w przemianach fosforanu wapnia do apatytu, będącego głównym mineralnym składnikiem kości. Fluor zwiększa mineralizację tkanki zębów, ogranicza wzrost bakterii próchnicotwórczych, wspomaga remineralizację i zwiększa odporność zębów na działanie kwaśnego środowiska w jamie ustnej, dzięki czemu zapobiega próchnicy. U dzieci, większość dostarczanego fluoru, wykorzystywana jest w procesach rozwojowych kości i zębów. U osób dorosłych natomiast, fluor potrzebny jest do przebudowy kości.

Związki fluoru są wykorzystywane w stomatologii (są rekomendowane w profilaktyce domowej oraz profesjonalnej w gabinecie stomatologicznym, jako forma zapobiegania próchnicy), w leczeniu przeciwnowotworowym (fluorouracyl czyli fluorowana pochodna pirymidyna stosowana w terapii wielu nowotworów) oraz w leczeniu zakażeń układu moczowego (fluorochinolony np. ciprofloksacyna czy norfloksacyna).

Fluor jest niezbędny do prawidłowego rozwoju i budowy kośćca oraz zębów. Dostarczany do organizmu w prawidłowych dawkach, jest bezpieczny i nie niesie żadnego zagrożenia dla zdrowia. Niemniej jednak, warto wiedzieć, że fluor jest pierwiastkiem silnie toksycznym.Duże ilości fluoru hamują oddychanie tkankowe i generują duże ilości wolnych rodników, przez co wywołują stres oksydacyjny. Wywierają negatywy wpływ na przemiany węglowodanów, lipidów, białek, upośledzają tolerancję glukozy oraz syntezę hormonów przytarczyc, tarczycy i przysadki mózgowej. Toksyczność i szkodliwość fluoru zależy od jego dawki oraz czasu narażenia na jego nadmiar.